Web.config 中配置

<configuration>
    ...
    <connectionStrings>
        <add name="SQLiteConnection" connectionString="Data Source=|DataDirectory|\crm2_fts5_test.sqlite;version=3;datetimeformat=CurrentCulture;Pooling=True;Max Pool Size=100;Min Pool Size=5;Cache Size=10000;" providerName="System.Data.SQLite"/>
    </connectionStrings>
    ...

|DataDirectory|表示网站根目录下的\App_Data目录，将数据库文件置于其中，在此配置数据库连接字符串即可。

DbContext中如下写法：

public class AppDbContext : DbContext
{
    public AppDbContext() : base("name=SQLiteConnection")
    {
    ...
    }
    ...

|DataDirectory|的位置也可修改，在Global.asax中public class Global : HttpApplication的Application_Start方法中，执行

string customDataPath = Server.MapPath("~/DATA");
AppDomain.CurrentDomain.SetData("DataDirectory", customDataPath);

就可以吧|DataDirectory|设为网站目录下的/DATA文件夹了。